En 2004, se establece el Fondo para el Sistema Arrecifal Mesoamericano (Fondo SAM), más conocido por su nombre en inglés MAR Fund. Esta organización de carácter regional agrupa a cuatro Fondos Ambientales de cuatro países diferentes: PACT Belice, Fundación para la Conservación de los Recursos Naturales y Ambiente en Guatemala (FCG), Fundación Biosfera (Honduras) y el Fondo Mexicano para la Conservación de la Naturaleza (FMCN).
Con su trabajo pretende inspirar soluciones regionales e innovadoras a temas críticos del Arrecife Mesoamericano, a través del apoyo financiero significativo y a largo plazo. Para lograrlo realizan convocatorias para seleccionar y financiar proyectos, hacen ejecución directa y con socios y recaudan fondos para iniciativas específicas. Tres de sus grandes programas son el de Pesquerías Comunitarias, el de Pequeñas Donaciones y la Red de Áreas Protegidas Costeras y Marinas.