Desde sus inicios en 1994, el Fondo Mexicano se ha caracterizado por ser una organización sin ánimo de lucro, que a través de la movilización de recursos financieros, la creación de alianzas y la toma de decisiones enfocadas en la conservación y aprovechamiento del capital natural, busca construir un futuro sostenible para México. Para lograrlo se enfoca en programas de conservación de áreas naturales protegidas, mares y costas, bosques y cuencas; además de proyectos de innovación, ejecutados en ecosistemas como bosques, selvas, arrecifes de coral, manglares, desiertos, humedales costeros, entre otros. Con respecto a la ejecución de su trabajo, el FMCN cuenta con 11 fondos patrimoniales y desde su creación ha desembolsado 123.5 millones de dólares a iniciativas relacionas con la conservación del medio ambiente sostenible en México.